目前没有特定药物医治甲型肝炎。大部分患者都能完全康復，治疗方法主要是舒缓不适和保持营养均衡，包括补充身体流失的水分。只有极少数的病例会发展成严重肝病。甲型肝炎痊癒后，通常可获终生免疫，并不会造成慢性肝病。
慢性乙型肝炎感染者须依照医生的建议定期作身体检查，如抽血检验：肝功能、甲胎蛋白、病毒数量和其他相关项目；及定期接受肝脏超音波检查。医生会根据感染者的情况作详细评估，及决定治疗方案。
并非每个慢性乙型肝炎患者都需要服抗病毒药。
服用任何抗病毒药物均需要遵照医生指示，切勿因病毒已被抑制或肝功能回復正常而自行停药。不当停药后，乙型肝炎很有机会復发，更可能会引致肝衰竭，甚至死亡。
现时有些抗病毒药物能抑制病毒複製，藉着减少病毒数量而减轻对肝脏的破坏，一线抗病毒药物包括：恩替卡韦(entecavir) 和替诺福韦 (tenofovir)。感染者可谘询医生这些药物是否合适。
慢性乙型肝炎患者如需接受任何免疫抑制的治疗，如高剂量类固醇或化疗，医生会根据病情需要对治疗方案作出评估。
现时，绝大部分丙型肝炎感染是可以透过治疗而痊癒的。传统治疗丙型肝炎药物包括聚乙二醇干扰素和利巴韦林，治癒率约六成。另外，新型全口服「直接抗病毒药物」疗程只需八至十二星期，副作用较少，而且疗效显着，可治癒九成半以上丙型肝炎病毒感染，成功把病毒清除，从而大大减低病人肝病恶化及肝癌的风险。
治疗的目的是要清除血液中的丙型肝炎病毒。
持续病毒学反应 (sustained virological response,SVR)， 亦即在治疗结束十二或二十四星期后，血中仍侦测不到丙型肝炎病毒 (丙型肝炎病毒核糖核酸)，就是治疗成功，亦不会把病毒传给他人。
目前并没有治癒丁型肝炎的方法。根据现时指引，一般建议服用聚乙二醇干扰素α至少四十八星期，以降低病情恶化的风险。
目前没有能改变急性戊型肝炎病情的治疗方案。大部份患者在接受一至六星期 的支援性治疗及休息后便可痊癒 。一般来说，戊型肝炎不会引致慢性肝炎。可是，过往曾有免疫功能受抑制人士患上慢性戊型肝炎的病例，在此情况下，便可能需要服用抗病毒药物清除病毒。